#! /usr/bin/env python
# coding=utf-8


# 将nt转化为AA


import sys
import argparse
from Bio import SeqIO



parser = argparse.ArgumentParser(
    description='''将核酸翻译为氨基酸
    用法:
    nt2aa.py  -n mRNA -a pep.fa
    由大天才于2021年7月20日创建于浙江农业大学''')


parser.add_argument('-n',
                help='必须给定，输入的核酸文件')

parser.add_argument('-a',
                help='必须给定,输出的氨基酸文件')






args = parser.parse_args()

if not args.a or not args.n:
    parser.print_help()
    sys.exit()





outfile  = open(args.a,'w')

infile = args.n







for j in SeqIO.parse(infile,'fasta'):

	outfile.write('>'+j.description+'\n'+str(j.seq.translate())+'\n')





outfile.close()